Coronavirus Coronavirus détectable dans les eaux usées

Une équipe de l'EPFL, en collaboration avec l'Eawag, a réussi à détecter la présence du Coronavirus dans les eaux usées à travers des échantillons prélevés pendant la première phase de la pandémie. L’objectif est de mettre sur pied un système d’alerte précoce.

«Notre travail porte sur la quantification du virus dans les eaux usées, si nous pouvons le détecter avant les symptômes cliniques et combien de temps avant», explique Tamar Kohn, qui dirige le Laboratoire de Chimie environnementale de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), cité jeudi dans un communiqué.

Avec Christoph Ort et Tim Julian, de l'Institut de recherche sur l'eau Eawag, les chercheurs ont réussi un tour de force en détectant et quantifiant en l'espace de quelques semaines seulement le SARS-CoV2 dans les eaux usées.

Les scientifiques ont analysé des échantillons provenant de Lausanne, Lugano et Zurich. Dans ces deux dernières villes, un prélèvement avait été effectué fin février déjà, alors que les premiers cas d'infection étaient enregistrés en Suisse.

Les scientifiques sont parvenus à mettre en évidence les traces du nouveau coronavirus dans la totalité des échantillons. Si, dans les plus récents, les concentrations élevées laissent supposer une quantification plutôt aisée, ce n'était pas le cas des échantillons de février.

«Agréablement surpris»

«Nous avons été agréablement surpris de trouver un signal dans les eaux usées de Lugano alors qu'un seul cas avait été identifié à Lugano et seulement six à Zurich», commente Tamar Kohn. Les scientifiques ont récolté de nombreux échantillons provenant de 9 stations d’épuration au Tessin, 2 à Zurich et 1 à Lausanne, collectant les eaux usées de quelque 800'000 habitants.

Ces échantillons constituent de précieuses archives. Le but principal du projet n'est cependant pas de retracer l'évolution passée mais de mettre au point un système d'alerte précoce.

«À partir des échantillons de 20 grandes stations d'épuration réparties sur le territoire national, nous pourrions surveiller les eaux usées de près de 2,5 millions de personnes», précise Christoph Ort.

En les analysant rapidement, il serait ainsi possible de détecter une éventuelle recrudescence des infections pendant le déconfinement bien avant, peut-être une semaine avant qu'elle ne soit visible dans les tests sur les personnes symptomatiques.

«Les eaux usées ne mentent pas»

Le chercheur de l'Eawag s'intéresse depuis longtemps à l'épidémiologie des eaux usées. Jusqu'à présent, ses recherches étaient centrées sur l'étude de la consommation de stupéfiants en Europe.

Comme il le souligne, «les eaux usées ne mentent pas et révèlent en quelques heures ce que les excrétions de la population contiennent». Dans le nouveau contexte, les scientifiques ont pu profiter des contacts préexistants avec les cantons et les stations d'épuration.

Grâce à la détection des concentrations infimes de virus dès le début de la pandémie, il devrait être possible de retracer rétrospectivement la courbe d'évolution du Covid-19. Il faudra cependant encore des semaines pour que les 300 échantillons actuellement stockés dans les congélateurs de l'Eawag et de l'EPFL soient tous analysés.

Et il ne sera pas vraiment possible de suivre le nombre exact de cas. En effet, le nombre de virus excrétés par une personne infectée varie trop d'un individu à l'autre. Mais l'essentiel est de suivre l'évolution de la situation.

Ces derniers jours, les scientifiques ont ainsi pu retracer grossièrement, à partir de leurs échantillons, l'augmentation des concentrations de SARS-CoV2 dans les eaux usées lausannoises entre mars et avril: Tamar Kohn estime qu'elles auraient augmenté d'un facteur de dix à cent.

L'eau potable peut être bue

Malgré ces premiers résultats encourageants, la méthode doit encore être optimisée. Ainsi, on ne sait pas encore exactement quelle proportion de virus est appréhendée lors de l'extraction qui, par une suite de filtrations et de centrifugations, consiste à forcer l'enveloppe qui entoure son patrimoine génétique (ARN).

Enfin, rien ne permet de penser, en l'état actuel des connaissances, que le virus puisse se propager par l'eau ou les effluents. L'eau potable distribuée en Suisse est d'une qualité microbiologique irréprochable et elle peut être bue sans inquiétude même pendant la pandémie, conclut l'EPFL.