Environnement Détecter les amphibiens menacés par leur ADN dans l'eau

Une équipe de recherche de l’EPF de Zurich et de l'institut WSL a élaboré des détecteurs d'ADN qui permettent d’identifier rapidement les espèces d'amphibiens en analysant l'eau des étangs. Les scientifiques ont validé leur méthode avec succès en Argovie.

Sur les 19 espèces d'amphibiens suisses évaluées en 2023, 15 figurent sur la liste rouge de l'Office fédéral de l'environnement. Pour mieux protéger ces espèces, il est essentiel de suivre l'évolution des populations et leur répartition, a indiqué mardi l'Institut fédéral de recherches sur la forêt, la neige et le paysage (WSL).

Flurin Leugger, doctorant, et ses collègues du groupe de recherche commun EPFZ-WSL Écologie des écosystèmes, présentent dans la revue Molecular Ecology Resources une nouvelle technique de suivi des amphibiens qu'ils ont testée dans neuf étangs du canton d'Argovie.

Les méthodes de suivi traditionnelles sont laborieuses et chronophages. Des spécialistes visitent les sites de reproduction d'amphibiens et recensent les espèces qu'ils y aperçoivent ou entendent, s'ils ont la chance de les rencontrer.

La nouvelle méthode est basée sur l'ADN environnemental (ADNe) laissé par les organismes vivants lors qu'ils se nourrissent, perdent leurs cellules ou excrètent. Flurin Leugger et ses collègues ont en outre développé une technique appelée «ampliscanning», en référence à deux étapes clés de la méthode: l'amplification et le balayage ("scan» en anglais).

Quantités infimes

Comme l'ADN des amphibiens n’est présent qu’en quantités infimes dans les étangs, les chercheurs le recopient plusieurs fois pour faciliter sa détection. Ensuite, ils ont recherché sept espèces d'amphibiens suisses en construisant des détecteurs moléculaires. Ceux-ci analysent l'ADN amplifié des amphibiens et deviennent fluorescents si l'ADN de l'espèce correspondante est présent.

«Cela nous permet de faire des recherches ciblées des espèces menacées ou envahissantes. C'est plus rapide et plus efficace que les méthodes existantes», commente Flurin Leugger, cité dans le communiqué du WSL.

Pour tester cette nouvelle méthode, les scientifiques ont analysé l'ADNe de neuf habitats d'amphibiens en Argovie et ont comparé leurs résultats aux données de suivi traditionnelles du canton. L'ampliscanning a détecté plus d'espèces en une seule visite que trois visites sur le terrain.

Cette augmentation d’efficacité est plus importante pour les espèces discrètes. L'ampliscanning a repéré plus de tritons dans un plus grand nombre de sites, car ces animaux se cachent dans la végétation aquatique, ce qui les rend difficiles à repérer.

La méthode peut être adaptée à d'autres espèces. Elle rend la surveillance génétique de la biodiversité plus accessible et plus rentable. La prochaine étape consistera à concevoir des tests rapides, utilisables directement sur le terrain, conclut le WSL.