Test sur 89 sites suisses Pêcher l’ADN plutôt que les poissons pour mesurer la biodiversité

Identifier les espèces de poissons présentes dans une rivière à partir de l’ADN qu’ils y laissent: cette méthode a été testée avec succès sur 89 sites en Suisse. Elle s'est avérée plus fiable qu'une campagne de pêche électrique, selon une étude.

En se déplaçant, les poissons laissent derrière eux des fragments d’ADN, par exemple via leur peau ou leurs excréments. Ces traces, qui forment ce que l’on appelle l’ADN environnemental, permettent de déterminer avec précision les espèces présentes sans avoir besoin de les pêcher, a indiqué mardi le Fonds national suisse (FNS) dans un communiqué.

Professeur d’écologie aquatique à l’Université de Zurich et responsable d’un laboratoire à l’Institut de recherche sur l'eau Eawag, Florian Altermatt, responsable de l’étude, explique: «Par le passé, les inventaires de biodiversité dans les rivières étaient réalisés de manière ponctuelle, tous les cinq ans environ, ce qui est insuffisant pour un suivi correct».

De plus, ils se basaient uniquement sur l’identification morphologique des spécimens, généralement effectuée par pêche électrique. Néfaste pour les animaux, cette dernière n’est autorisée en Suisse que pour la recherche scientifique.

C'est pourquoi les spécialistes se tournent depuis une dizaine d'années vers l'ADN environnemental. Collecté et analysé grâce à des outils génétiques, il permet d’identifier les espèces auxquelles leurs propriétaires appartiennent. «Ces fragments indiquent la présence de telle ou telle espèce dans le milieu ou à proximité, par exemple en amont du site de prélèvement», illustre le chercheur.

Près de 90 sites étudiés en Suisse

Pour la première fois, Florian Altermatt et son équipe ont testé la méthode à grande échelle, dans 89 sites à travers toute la Suisse, de petites et de grandes rivières, ainsi que des ruisseaux. A chaque fois, les scientifiques y ont recueilli deux litres d’eau et en ont extrait l’ADN environnemental.

En comparant leurs trouvailles avec une importante base de données de séquences ADN de poissons, ils ont pu identifier les espèces auxquelles appartenaient les traces décelées dans l’eau. En comparant ensuite la liste des espèces identifiées avec la liste de toutes les espèces susceptibles de se trouver sur le site – elle-même établie à partir de relevés historiques sur trente ans -, ils ont pu estimer si la méthode était précise.

Au final, la technique s’est avérée concordante avec les données historiques et a permis de détecter une plus grande diversité d’espèces qu’une campagne de pêche électrique, notamment pour ce qui est des espèces vivant en amont du lieu de prélèvement. Ces travaux, soutenus par l’Office fédéral de l’environnement, ont été publiés dans le Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences.