L'attaccante della Nazionale rossocrociata passa lascia così il Bayer Leverkusen dopo due stagioni e mezza, in cui ha totalizzato 13 reti in 86 partite disputate.
Per il 26enne di origini macedoni si tratta del terzo club in Bundesliga, avendo vestito anche la maglia del Friburgo tra il 2014 e il 2015. Formatosi anche nelle giovanili del Bellinzona, Mehmedi ha poi giocato pure nello Zurigo e nella Dinamo Kiev.
Coi Lupi ha firmato un contratto fino al 2022. Sarà compagno di squadra dell'ex basilese Renato Steffen.