Con il sesto titolo mondiale in MotoGP già in tasca, Marc Marquez ha colto la pole anche a Motegi, ovvero sull'unico circuito che ancora mancava alla sua lunga lista.
L'iberico si è lasciato alle spalle l'italiano Franco Morbidelli e il francese Fabio Quartararo. In Moto2 Thomas Luethi ha dovuto accontentarsi, come già in Thailandia, della terza fila.
Il 33enne ha chiuso le qualifiche al settimo posto ad oltre un secondo e mezzo dal migliore, Luca Marini. Soltanto quarto il leader Alex Marquez.
Pole azzurra anche nella Moto3 con Niccolò Antonelli davanti ad Alonso Lopez e al giapponese Tatsuki Suzuki.