Dopo 16 anni di carriera Marc Janko ha dato l'addio al calcio.
L'ultima squadra dell'austriaco, 36 anni, è stata il Lugano. Con la maglia bianconera ha disputato 19 match e segnato 2 reti. Tra il 2015 e il 2018 ha militato nel Basilea, aiutandolo con i suoi 29 gol in 44 partite a conquistare il titolo svizzero.
Nel 2017 con il club renano ha pure vinto la Coppa. Con la maglia della Nazionale vanta 68 selezioni e 28 reti.